Fort Henry était destiné à devenir le point tournant d’un nouveau système étendu d’ouvrages défensifs affectés à la défense du point de confluence de ces voies commerciales. Le canal Rideau ayant dépassé le budget qui avait été alloué à sa construction, seuls le fort et les quatre tours Martello, espacées le long du front d’eau de Kingston, ont été achevés. Fort Henry n’en demeure pas moins le plus grand ouvrage de fortifications à l’ouest de la ville de Québec. La construction du fort à lui seul a coûté 70 000 livres sterling, soit l’équivalent d’environ 35 millions de dollars canadiens actuels. Le fort a été abandonné par l’armée britannique en 1870 et affecté au cantonnement de troupes canadiennes jusqu’en 1891.
Son état s’est considérablement dégradé par la suite, jusqu’en 1936, année du début de sa restauration sous la direction de Ronald L. Way en vue d’en faire un musée d’histoire vivante. L’inauguration de Fort Henry comme musée a eu lieu le 1er août 1938.